J4125和J6412是兩款不同性能和應用的嵌入式處理器，用于工業控制應用中的工控主板。這兩種處理器都具有一定的性能和特性，選擇合適的工控主板需要結合具體的應用場景和需求進行考慮。

從處理器性能上來看，J6412相對于J4125具有更高的主頻和更多的核心，因此在處理更復雜任務和多任務時具有更好的性能表現。此外，J6412還支持更多的內存類型和存儲設備，這使得它在處理大數據和多文件時具有更好的性能表現。

在選擇合適的工控主板時，需要考慮以下幾個方面：

1. 硬件配置：根據應用需求選擇合適的處理器、內存、存儲、接口等硬件配置。根據處理器的性能，可能需要選擇適當的內存類型和存儲設備，例如SSD或HDD等。

2. 操作系統：根據應用需求選擇合適的操作系統，例如基于Linux的操作系統可以提供更穩定和可靠的性能。同時需要考慮操作系統的兼容性和適配性。

3. 擴展性：選擇具有良好擴展性的工控主板，以滿足未來硬件升級和軟件更新的需求。

4. 售后服務：考慮供應商的售后服務和保修政策，以確保工控主板的穩定性和可靠性。

總之，在選擇合適的工控主板時，需要根據具體的應用場景和需求進行綜合考慮，包括處理器性能、硬件配置、操作系統、擴展性和售后服務等方面。如果需要更多的信息，建議咨詢專業的工程師或直接聯系供應商獲取幫助。